Klasik dönem Osmanlı yönetiminde Anadolu eyaleti, Aydın sancağında kaza merkezi konumunda bulunan İzmir, 1573’de aynı statüde bir idari birim olarak Kaptanpaşa eyaleti, Sığla sancağına bağlandı.
19. yüzyılda 1826’dan sonra kurulan ve Aydın, Hamid, Sığla (İzmir), Saruhan ve Teke sancaklarını bünyesinde barındıran Aydın eyaletine bağlı olarak varlığını sürdüren İzmir, 1843’de Said Mehmed Paşa’nın valiliğinden itibaren zaman zaman eyalet merkezi konumuna yükseldi. Buna bağlı olarak resmi yazışmalarda eyalete İzmir eyaleti denildi.
1864 yılında çıkarılan Vilayet Nizamnamesiyle Osmanlı taşra teşkilatı yeniden düzenlendi. Nizamnameye dayanarak 23 Mayıs 1867’de Batı Anadolu’nun önemli bir kesimini oluşturan Aydın, Denizli, Saruhan, Menteşe ve İzmir sancaklarını içine alan Aydın vilayeti kuruldu. Tire, Ödemiş, Kuşadası, Urla, Çeşme, Menemen, Foçalar kazaları ile on sekiz nahiyeden oluşan aynı adlı sancak merkezi olan İzmir, aynı zamanda vilayet merkezi fonksiyonunu üstlendi.
1921 Teşkilât-ı Esâsiye Kânunu ve 1924 anayasasının ilgili maddeleriyle düzenlenen Cumhuriyet dönemi mülkî idare taksimatına göre İzmir, kaza, nahiye, kasaba ve köylerden oluşan vilâyet statüsünde bir idari birim haline getirildi.
İzmir’de Konak meydanının ihdası, 19. yüzyılda Osmanlı modernleşmesinin kentlere yansımasının tipik bir örneğini oluşturmaktadır. İzmir’in bugüne kadar değişmemiş olan şehir merkezini oluşturan meydanın Konak adıyla anılması burada 1829 yılında inşa edilmiş olan İzmir Ayanı Katipoğulları’nın kışlık konağına dayanmaktadır. Aynı yıl inşa edilen ve Sarı Kışla adıyla anılan Kışla-i Hümayun ve 1851’de hizmete giren Gureba-i Müslimin Hastanesi ile birlikte yeni bir kamusal çekim merkezi oluşturan meydan bugüne kadar devam eden asıl fonksiyonunu İzmir’in vilayet merkezi olmasıyla kazandı.
Vilayet merkezi olan İzmir’de nizamnamede belirtilen hizmetlerin verilebileceği şekilde tasarlanmış yeni bir binaya ihtiyaç duyuldu. 1867’de Kâtipzade Konağı’nın yerinde planlanarak inşasına başlanan Hükümet Konağı 1872’de tamamlandı. Halil Rıfat Paşa’nın valiliği döneminde (1885-1887, 1889-1891) bahçesi ve tefrişatıyla birlikte geniş çapta tamir edilerek yeniden düzenlenmiş olan Konak Osmanlı’dan Cumhuriyet’e uzanan çizgide hizmet vermeye devam etti. 15 Mayıs 1919’da işgal edilmiş olan İzmir 9 Eylül 1922’ye kadar esaret altında kaldı. Bu dönemde valilik makamı da zaafa uğradı. İşgal sırasında valilik makamında bulunan İzzet Bey’den sonrası karanlıkta kaldı. Gazi Mustafa Kemal Paşa’nın komutasında İzmir’e ulaşan Türk ordusunun Türk bayrağını yeniden Hükümet Konağı’na çekmesiyle şehir yeniden istiklale kavuştu. Bu manada işgalden kurtuluşu sembolize eden Hükümet Konağı, sadece İzmir’in değil aynı zamanda Türkiye’nin önemli hafıza mekânlarından biri oldu.
1970 yazında çıkan yangınla harap olan bina, bir müddet sonra kısmen yeniden inşa edildi. Yangınla birlikte yıkılan Kemeraltı cephesinde yer alan blokla, meydana bakan simetrik bir biçimde inşa edilmiş olan bloğun yarısı hariç tutuldu. Dolayısıyla 1970 yangını sonrasında yeniden inşa edilmiş olan Hükümet Konağı, anıtsal özelliğini muhafaza etmekle birlikte öncesine göre daha küçük bir yapıya dönüştü. Valilik ile bağlı kurum ve kuruluşlarca duyulan mekân ihtiyacı, çevresinde inşa edilen çok katlı binalarla karşılandı. Uzun yıllar kullanılan ve yeniden geniş çaplı tamir ve bakıma ihtiyaç duyan tarihi binada başlatılan restorasyon çalışmaları halen devam etmektedir.